Cette deuxième saison monte en intensité et en rebondissemnts là où nombre d'animes mettent 3 épisodes pour que le héros ouvre une porte. Bien qu'il existe quelques mutations improbables de personnalités comme la niaiseuse Nunally qui devient en un rien de temps très différente (et c'est peu de le dire), le scénario est assez surprenant pour un anime. Il n'y a pas de politiquement correct ou de morale assénée, chaque personnage trace sa route et au spectateur de faire la part des choses.
La référence à V pour Vendetta est ici plus manifeste en allant jusqu'à reprendre une scène emblématique du comics, celle où la population se grime toute entière du masque symbolique de Guy Fawkes. L'accoutrement mangaesque de Zero est tout aussi théâtral et c'est justement là un des ingrédients majeurs de la recette. Le simple fait d'appeler le héros "Zero" résume assez bien le paradoxe du anti-héros.
La géopolitique uchronique de l'anime qui s'annonçait ionante s'élabore et devient plus concrète dans cette seconde saison avec l'apparition sur le devant de la scène d'autres puissances et personnalités politiques de premier plan. L'intrigue n'est plus cantonnée au Japon et l'on assiste à l'évolution de la situation comme dans un cours d'histoire-géo avec planisphères à l'appui.
Les mechas sont toujours aussi cheatés mais se repartissent mieux les rapports de force que lorsqu'il n'y avait que le Lancelot. Les stratégies militaires demeurent lisibles et surprenantes avec l'usage de certaines armes de destruction massive faisant écho à l'histoire sombre du Japon.